Uchwała Naczelnego Sądu Administracyjnego ma swój początek w konkretnym stanie faktycznym. Podatniczka w złożonej deklaracji za kwiecień 2013 r. wykazała nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym i wystąpiła o zwrot części podatku VAT.  Urząd Skarbowy przeprowadzając czynności sprawdzające, uznał za konieczne przeprowadzenie również kontroli u czeskich i niemieckich kontrahentów podatniczki, stąd powołując się na art. 274b § 1 i 2 ustawy - Ordynacja podatkowa oraz
art. 87 ust. 2 ustawy z o podatku od towarów i usług, kilkakrotnie przedłużał termin zwrotu części podatku VAT wykazanego w deklaracji za kwiecień 2013 r.

Z powodu niejednolitej linii orzeczniczej sądów administracyjnych we wskazanym zakresie, do NSA wpłynęło pytanie: Czy w przypadku przedłużenia terminu zwrotu różnicy VAT w związku z weryfikacją zasadności jego zwrotu, prowadzoną w ramach czynności sprawdzających, możliwe jest żądanie od kontrahentów podatnika wykonujących działalność gospodarczą przedstawienia dokumentów w celu sprawdzenia ich prawidłowości i rzetelności?

Siedmiu sędziów NSA uznało za prawidłowe stanowisko, zgodnie z którym kontrola kontrahentów podatnika jest dopuszczalna w ramach toczącego się wobec niego postępowania podatkowego lub kontroli podatkowej, nie zaś poza nimi. Stąd, w sytuacji gdy w ramach prowadzonych czynności sprawdzających Urząd weryfikuje zasadność zwrotu VAT, by mógł dalej dokonać kontroli krzyżowych u kontrahentów, musi rozpocząć kolejny etap, np. wszcząć postępowanie podatkowe. Przeniesienie przez ustawodawcę przepisów dot. kontroli krzyżowej do działu, w którym uregulowane są czynności sprawdzające, miało na celu zwiększenie efektywności tych kontroli,  by mogły one być przeprowadzane w formie czynności sprawdzających. Niezależnie od ich umiejscowienia w akcie prawnym, kontrole krzyżowe muszą być związane z postępowaniem podatkowym lub kontrolą podatkową.

Źródło:

Uchwała Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 24.10.2016 r., sygn. I FPS 3/16

Wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Łodzi z dnia 15.10.2014 r., sygn. I SA/Łd 665/14

Artykuł na Rzeczpospolita Online

Autorzy: Magdalena Chodorek, Wojciech Kosarzecki